（1）两者的机构属性不同。集中采购机构是不具备国家机关性质而实际承担着某些行政管理职能的公共组织。即由政府设立，不隶属行政系列但拥有行政职能，经由政府授权，实际承担政府集中采购职责的公共机构。而社会代理机构是经国家工商行政管理部门登记注册的营利性组织，并不具有准行政组织的属性。
（2）两者所行使的职能不同。《政府采购法》规定，采购人采购纳入集中采购目录的政府采购项目，必须委托集中采购机构采购，这是带有法律强制性的，采购人对此没有选择权。而社会代理机构与采购人之间只是一种单纯的民事主体关系，委托代理行为的展开完全是建立在平等自愿的基础上，并通过签订的民事合同来约定双方的权利和义务。
（3）两者所发挥的作用不同。政府集中采购是深化财政支出体制改革的重要组成部分，它能够有效地规范采购人的行为，提高财政资金的使用效益，有效地实现国家宏观调控目标。集中采购机构服务的对象是本级政府机关、事业单位和团体组织。它的设立为政府采购制度改革提高了组织保障。而社会代理机构面向的是社会上各类市场主体，除了公共部门外，更多的是为企业提高中介代理服务。其行为准则主要是参与市场活动，遵守市场活动的基本规则。
（4）两者从事政府采购活动的目的不同。集中采购机构为非营利性事业法人。根据采购人的委托办理采购事宜。属于为党政机关各部门办理采购工作的服务性机构，不以营利为目标。而社会代理机构是以营利为目的的企业法人，追求利益最大化是其根本目标。